Departamento de Genética

BIO-162: GENÓMICA EVOLUTIVA Y BIOINFORMÁTICA

Datos más relevantes

Pulse aquí para más información sobre el grupo ...

Personal:

  • José L. Oliver, Professor of Genetics
  • Michael Hackenberg, Associate Professor
  • Cristina Gómez Martín, PhD Student, Biochemistry
  • Ernesto Aparicio Puerta, PhD Student, Biochemistry
  • José Ma. Medina, PhD Student, Biochemistry
  • Stavros Ginnoukakos, PhD Student, Applied Mathematics

Líneas de investigación:

  • small RNAs at the interface between hosts and parasites (2020)
  • Genetic variation and CpG methylation in the human genome, IPs: Michael Hackenberg y José L. Oliver
  • Evolution of genome compositional complexity, IP: Jose L. Oliver
  • Differential methylation in the human genome and biomarkers development, IPs: Michael Hackenberg y José L. Oliver
  • Tools for small RNA research, IP: Michael Hackenberg

Publicaciones:

  • geno5mC: A Database to Explore the Association between Genetic Variation (SNPs) and CpG Methylation in the Human Genome. Gómez-Martín C, Aparicio-Puerta E, Medina JM, Barturen G, Oliver JL, Hackenberg M. J Mol Biol. 2020 Nov 12:166709. doi: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2020.11.008. PMID: 33188782

  • mirnaQC: a webserver for comparative quality control of miRNA-seq data. Aparicio-Puerta E, Gómez-Martín C, Giannoukakos S, Medina JM, Marchal JA, Hackenberg M. Nucleic Acids Res. 2020 Jul 2;48(W1):W262-W267. doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa452. PMID: 32484556

  • MirGeneDB 2.0: the metazoan microRNA complement. Fromm B, Domanska D, Høye E, Ovchinnikov V, Kang W, Aparicio-Puerta E, Johansen M, Flatmark K, Mathelier A, Hovig E, Hackenberg M, Friedländer MR, Peterson KJ. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D132-D141. doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkz885. PMID: 31598695

  • sRNAbench and sRNAtoolbox 2019: intuitive fast small RNA profiling and differential expression. Aparicio-Puerta E, Lebrón R, Rueda A, Gómez-Martín C, Giannoukakos S, Jaspez D, Medina JM, Zubkovic A, Jurak I, Fromm B, Marchal JA, Oliver J, Hackenberg M. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W530-W535. doi: https://doi.org/10.1093/nar/gkz415. PMID: 31114926

  • Emerging roles of non-coding RNAs in vector-borne infections. Bensaoud C, Martins LA, Aounallah H, Hackenberg M, Kotsyfakis M. J Cell Sci. 2020 Nov 5;134(5):jcs246744. doi: https://doi.org/10.1242/jcs.246744. PMID: 33154170 Review.

  • liqDB: a small-RNAseq knowledge discovery database for liquid biopsy studies. Aparicio-Puerta E, Jáspez D, Lebrón R, Koppers-Lalic D, Marchal JA, Hackenberg M. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D113-D120. doi: https://doi.org/10.1093/nar/gky981. PMID: 30357370

  • Gómez-Martín, C.; Capel, C.; González, A.M.; Lebrón, R.; Yuste-Lisbona, F.J.; Hackenberg, M.; Oliver, J.L.; Santalla, M.; Lozano, R. Transcriptional Dynamics and Candidate Genes Involved in Pod Maturation of Common Bean (Phaseolus vulgaris L.). Plants 2020, 9, 545. https://doi.org/10.3390/plants9040545

  • Andrés Moya, José L. Oliver, Miguel Verdú, Luis Delaye, Vicente Arnau, Pedro Bernaola-Galván, Rebeca de la Fuente, Wladimiro Díaz, Cristina Gómez-Martín, Francisco M. González, Amparo Latorre, Ricardo Lebrón and Ramón Román-Roldán (2020). Tracking evolutionary trends towards increasing complexity: a case study in Cyanobacteria. BioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.29.924464. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.924464v1

  • Noncoding RNAs in Parasite-Vector-Host Interactions. Bensaoud C, Hackenberg M, Kotsyfakis M. Trends Parasitol. 2019 Sep;35(9):715-724. doi: 10.1016/j.pt.2019.06.012. Epub 2019 Jul 15. PMID: 31320293

  • Gómez-Martín C., Lebrón R., Oliver J.L., Hackenberg M. (2018) Prediction of CpG Islands as an Intrinsic Clustering Property Found in Many Eukaryotic DNA Sequences and Its Relation to DNA Methylation. In: Vavouri T., Peinado M. (eds) CpG Islands. Methods in Molecular Biology, vol 1766. Humana Press, New York, NY. DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7768-0_3

  • C. Gómez-Martín, A.M. González, R. Lebrón,, C. Capel, F.J. Yuste-Lisbona, M. Hackenberg, J.L. Oliver, M. Santalla, R. Lozano. 2017. RNA-seq analysis uncovers common bean genes involved in pod maturation and dehiscence. 8th International Conference on Legume Genetics and Genomics (ICLGG). Sept. 18-22, 2017. Siófok, Hungary. http://iclgg2017.hu/wp-content/uploads/2017/03/ICLGG2017-Book-of-abstracts.pdf

  • Gómez-Martín C, Lebrón R, Rueda A, et al (2017) sRNAtoolboxVM: Small RNA Analysis in a Virtual Machine. In: MicroRNA Detect. Target Identif. Springer, Dalmay T (ed) pp 149–174. Springer. http://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-6866-4_12

  • Guillermo Barturen, José L. Oliver, Michael Hackenberg (2017). Error Correction in Methylation Profiling From NGS Bisulfite Protocols. In: Algorithms for next-generation sequencing data: techniques, approaches and applications. Mourad Elloumi (editor). Springer. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-59826-0_8

  • Ricardo Lebrón, Cristina Gómez-Martín, Pedro Carpena, Pedro Bernaola-Galván, Guillermo Barturen, Michael Hackenberg, José L. Oliver. NGSmethDB 2017: enhanced methylomes and differential methylation. Nucleic Acids Res 2017; 45 (D1): D97-D103. doi: 10.1093/nar/gkw996

  • Gómez-Martín, C.; Capel, C.; González, A.M.; Lebrón, R.; Yuste-Lisbona, F.J.; Hackenberg, M.; Oliver, J.L.; Santalla, M.; Lozano, R. Transcriptional Dynamics and Candidate Genes Involved in Pod Maturation of Common Bean (Phaseolus vulgaris L.). Plants 2020, 9, 545. https://doi.org/10.3390/plants9040545

  • Gómez-Martín C., Lebrón R., Oliver J.L., Hackenberg M. (2018) Prediction of CpG Islands as an Intrinsic Clustering Property Found in Many Eukaryotic DNA Sequences and Its Relation to DNA Methylation. In: Vavouri T., Peinado M. (eds) CpG Islands. Methods in Molecular Biology, vol 1766. Humana Press, New York, NY. DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7768-0_3

  • C. Gómez-Martín, A.M. González, R. Lebrón,, C. Capel, F.J. Yuste-Lisbona, M. Hackenberg, J.L. Oliver, M. Santalla, R. Lozano. 2017. RNA-seq analysis uncovers common bean genes involved in pod maturation and dehiscence. 8th International Conference on Legume Genetics and Genomics (ICLGG). Sept. 18-22, 2017. Siófok, Hungary. http://iclgg2017.hu/wp-content/uploads/2017/03/ICLGG2017-Book-of-abstracts.pdf

  • Gómez-Martín C, Lebrón R, Rueda A, et al (2017) sRNAtoolboxVM: Small RNA Analysis in a Virtual Machine. In: MicroRNA Detect. Target Identif. Springer, Dalmay T (ed) pp 149–174. Springer. http://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-6866-4_12

  • Guillermo Barturen, José L. Oliver, Michael Hackenberg (2017). Error Correction in Methylation Profiling From NGS Bisulfite Protocols. In: Algorithms for next-generation sequencing data: techniques, approaches and applications. Mourad Elloumi (editor). Springer. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-59826-0_8

  • Ricardo Lebrón, Cristina Gómez-Martín, Pedro Carpena, Pedro Bernaola-Galván, Guillermo Barturen, Michael Hackenberg, José L. Oliver. NGSmethDB 2017: enhanced methylomes and differential methylation. Nucleic Acids Res 2017; 45 (D1): D97-D103. doi: 10.1093/nar/gkw996

  • Ricardo Lebrón, Guillermo Barturen, Cristina Gómez-Martín, José L Oliver, Michael Hackenberg (2016) MethFlowVM: a virtual machine for the integral analysis of bisulfite sequencing data. BioRxiv: http://biorxiv.org/content/early/2016/07/31/066795. doi: http://dx.doi.org/10.1101/066795

  • Rueda A, Barturen G, Lebrón R, Gómez-Martín C, Alganza A, Oliver JL and Hackenberg M (2015) sRNAtoolbox: an integrated collection of small RNA research tools. Nucleic Acid Research 43 (W1): W467-W473. doi:10.1093/nar/gkv555

  • Nontemplated nucleotide additions distinguish the small RNA composition in cells from exosomes. Koppers-Lalic D, Hackenberg M, Bijnsdorp IV, van Eijndhoven MAJ, Sadek P, Sie D, Zini N, Middeldorp JM, Ylstra B, de Menezes RX, Würdinger T, Meijer GA, Pegtel DM. Cell Rep. 2014 Sep 25;8(6):1649-1658. doi: 10.1016/j.celrep.2014.08.027. Epub 2014 Sep 18. PMID: 25242326

  • Dios F., G. Barturen, R. Lebrón, A. Rueda, M. Hackenberg and J.L. Oliver. 2014. DNA clustering and genome complexity. Computational Biology and Chemistry: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927114000905. DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2014.08.011. Editorial: Complexity in Genomes, Computational Biology and Chemistry, Special issue.

  • Barturen G, Rueda A, Oliver JL and Hackenberg M (2014) MethylExtract: High-Quality methylation maps and SNV calling from whole genome bisulfite sequencing data. F1000Research 2014, 2:217 doi:10.12688/f1000research.2-217.v2

  • Stefanie Geisen, Guillermo Barturen, Ángel M. Alganza, Michael Hackenberg and José L. Oliver. 2014. NGSmethDB: an updated genome resource for high quality, single-cytosine resolution methylomes. Nucl. Acids Res. (1 January 2014) 42 (D1): D53-D59 first published online November 22, 2013 doi:10.1093/nar/gkt1202

  • Guillermo Barturen, Stefanie Geisen, Francisco Dios, E. J. Maarten Hamberg, Michael Hackenberg, and José L. Oliver. 2013. CpGislandEVO: A Database and Genome Browser for Comparative Evolutionary Genomics of CpG Islands. BioMed Research International, vol. 2013, Article ID 709042, 6 pages, 2013. http://dx.doi.org/10.1155/2013/709042

  • Pedro Bernaola-Galván, José L. Oliver, Michael Hackenberg, Ana V. Coronado, Plamen Ch. Ivanov, and Pedro Carpena. 2012. Segmentation of time series with long-range fractal correlations The European Physical Journal B 85: 211 http://dx.doi.org/10.1140/epjb/e2012-20969-5

  • Michael Hackenberg, Antonio Rueda, Pedro Carpena, Pedro Bernaola Galván, Guillermo Barturen and José L. Oliver. 2012. Clustering of DNA words and biological function: a proof of principle Journal of Theoretical Biology 297: 127-136 http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2011.12.024

  • Michael Hackenberg, Guillermo Barturen and José L. Oliver. 2012. DNA Methylation Profiling from High-Throughput Sequencing Data In: DNA Methylation – From Genomics to Technology Dr. Tatiana Tatarinova (Ed.), ISBN: 978-953-51-0320-2, InTech

  • Hackenberg, M., Rodriguez-Ezpeleta, N. and Aransay, A.M. (2011) miRanalyzer: an update on the detection and analysis of microRNAs in high-throughput sequencing experiments, Nucleic acids research, 39, W132-138.

  • Pedro Carpena, José L. Oliver, Michael Hackenberg, Ana V. Coronado, Guillermo Barturen and Pedro Bernaola-Galván. 2011. High-level organization of isochores into gigantic superstructures in the human genome Physical Review E 83: 031908 (1-7) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.83.031908

  • Michael Hackenberg, Pedro Carpena, Pedro Bernaola-Galván, Guillermo Barturen, Ángel M. Alganza and José L. Oliver. 2011. WordCluster: detecting clusters of DNA words and genomic elements Algorithms for Molecular Biology 6:2 http://dx.doi.org/10.1186/1748-7188-6-2

  • Michael Hackenberg, Guillermo Barturen and José L. Oliver. 2010. NGSmethDB: A database for next-generation sequencing single-cytosine-resolution DNA methylation data Nucleic Acids Research, 2010, 1–5 http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkq942

  • Michael Hackenberg, Guillermo Barturen, Pedro Carpena, Pedro L. Luque Escamilla, Christopher Previti, José L. Oliver. 2010. Prediction of CpG-island function: CpG clustering vs. sliding-window methods BMC Genomics 2010, 11:327 http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-11-327

  • Hackenberg, M., Sturm, M., Langenberger, D., Falcon-Perez, J.M. and Aransay, A.M. (2009) miRanalyzer: a microRNA detection and analysis tool for next-generation sequencing experiments, Nucleic acids research, 37, W68-76.

  • Carpena P, Bernaola-Galván P, Hackenberg M, Coronado AV, Oliver JL. 2009. Level statistics of words: finding keywords in literary texts and symbolic sequences Physical Review E 79: 035102(R) (1-4) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.79.035102 Ver la noticia en New Scientist: Could quantum mathematics shake up Google?

  • Oliver JL, Bernaola-Galván P, Hackenberg M, Carpena P. 2008. Phylogenetic distribution of large-scale genome patchiness. BMC Evolutionary Biology 8: 107 http://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-8-107

  • Bernaola-Galván P, Carpena P, Oliver JL. 2008. A standalone version of IsoFinder for the computational prediction of isochores in genome sequences. arXiv:0806.1292v1 [q-bio.GN]

  • Carpena P, Bernaola-Galván P, Coronado AV, Hackenberg M, Oliver JL. 2007. Identifying characteristic scales in the human genome. Physical Review E 75: 032903

  • Hackenberg M, Previti C, Luque-Escamilla PL, Carpena P, Martínez-Aroza J, Oliver JL. 2006. CpGcluster: A distance-based algorithm for CpG-island detection. BMC Bioinformatics 7: 446 http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-7-446

  • Luque-Escamilla PL, Martínez-Aroza J, Oliver JL, Gómez-Lopera JF, Román-Roldán R. 2005. Compositional searching of CpG islands in the human genome. Physical Review E 71: 6

  • Hackenberg M, Bernaola-Galván P, Carpena P, Oliver JL. 2005. The biased distribution of Alus in human isochores might be driven by recombination. Journal of Molecular Evolution 60: 365-377 http://dx.doi.org/10.1007/s00239-004-0197-2

  • Oliver JL, Carpena P, Hackenberg M, Bernaola-Galván P. 2004. IsoFinder: computational prediction of isochores in genome sequences. Nucleic Acids Research 32: W287-W292 http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkh399

  • Bernaola-Galván P, Oliver JL, Carpena P, Clay O, Bernardi G. 2004. Quantifying intrachromosomal GC heterogeneity in prokaryotic genomes. Gene 333: 121-133

  • Marín A, Oliver JL. 2003. GC-biased mutation pressure and ORF lengthening. Journal of Molecular Evolution 56: 371-372

  • Li W, Bernaola-Galván P, Carpena P, Oliver JL. 2003. Isochores merit the prefix ‘iso’. Computational Biology and Chemistry 27: 5-10

  • Oliver JL, Carpena P, Román-Roldán R, Mata-Balaguer T, Mejías-Romero A, Hackenberg M, Bernaola-Galván P. 2002. Isochore chromosome maps of the human genome. Gene 300: 117-127

  • Grosse I, Bernaola-Galván P, Carpena P, Román-Roldán R, Oliver J, Stanley HE. 2002. Analysis of symbolic sequences using the Jensen-Shannon divergence. Physical Review E 65: 041905

  • Carpena P, Bernaola-Galván P, Román-Roldán R, Oliver JL. 2002. A simple and species-independent coding measure. Gene 300: 97-104

  • Bernaola-Galván P, Carpena P, Román-Roldán R, Oliver JL. 2002. Study of statistical correlations in DNA sequences. Gene 300: 105-115

  • Oliver JL, Bernaola-Galván P, Carpena P, Román-Roldán R. 2001. Isochore chromosome maps of eukaryotic genomes. Gene 276: 47-56

  • Bernaola-Galván P, Grosse I, Carpena P, Oliver JL, Román-Roldán R, Stanley HE. 2000. Finding borders between coding and noncoding DNA regions by an entropic segmentation method. Physical Review Letters 85: 1342-1345

  • Román Roldán R, Bernaola Galván P, Oliver JL. 1999. Complejidad de secuencias simbólicas. Aplicación a secuencias de ADN. Revista Española de Fisica 13: 33-37

  • Oliver JL, Román-Roldán R, Pérez J, Bernaola-Galván P. 1999. SEGMENT: identifying compositional domains in DNA sequences. Bioinformatics 15: 974-979

  • Marín A, Gutiérrez G, Oliver JL. 1999. Compositional correlation between open reading frames with opposite transcriptional orientations in Escherichia coli. Journal of Molecular Evolution 48: 712-716

  • Bernaola-Galván P, Oliver JL, Román-Roldán R. 1999. Decomposition of DNA sequence complexity. Physical Review Letters 83: 3336-3339

  • Bernaola-Galván P, Carpena P, Román-Roldán R, Oliver JL. 1999. Compositional complexity of DNA sequence models. Computer Physics Communications 122: 136-138

  • Román-Roldán R, Bernaola-Galván P, Oliver JL. 1998. Sequence compositional complexity of DNA through an entropic segmentation method. Physical Review Letters 80: 1344-1347

  • Oliver JL, Li W. 1998. Quantitative analysis of compositional heterogeneity in long DNA sequences: the two-level segmentation test. Genome Mapping, Sequencing & Biology, Cold Spring Harbor.

  • Marín A, González F, Gutiérrez G, Oliver JL. 1998. Gene lengths and GC content. Nucleic Acids Research 26: 4540-4540

  • Li W, Stolovitzky G, Bernaola-Galván P, Oliver JL. 1998. Compositional heterogeneity within, and uniformity between, DNA sequences of yeast chromosomes. Genome Research 8: 916-928

  • García E, Jamilena M, Álvarez JI, Arnedo T, Oliver JL, Lozano R. 1998. Genetic relationships among melon breeding lines revealed by RAPID markers and agronomic traits. Theoretical and Applied Genetics 96: 878-885

  • Román-Roldán R, Bernaola-Galván P, Oliver JL. 1996. Application of information theory to DNA sequence analysis: A review. Pattern Recognition 29: 1187-1194

  • Oliver JL, Marín A. 1996. A relationship between GC content and coding-sequence length. Journal of Molecular Evolution 43: 216-223

  • Gutiérrez G, Casadesús J, Oliver JL, Marín A. 1996. A possible relationship between VSP mismatch repair and gene expression level. Journal of Molecular Evolution 43: 161-163

  • Bernaola-Galván P, Román-Roldán R, Oliver JL. 1996. Compositional segmentation and long-range fractal correlations in DNA sequences. Physical Review E 53: 5181-5189

  • Román-Roldán R, Bernaola-Galván P, Oliver JL. 1994. Entropic Feature for Sequence Pattern through Iterated Function Systems. Pattern Recognition Letters 15: 567-573

  • Oliver JL, Román-Roldán R. 1994. Perfiles entrópicos de secuencias de DNA a través de imágenes caóticas asociadas. Biología Computacional, A. Moya (ed), pp. 213-235, Universitat de Valéncia (Estudi General), Valencia.

  • Oliver JL, Marín A, Martínez-Zapater JM. 1994. Maize chloroplast gene transfer to nucleus. Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol. 25, pp. 431-444. Y. P. S. Bajaj (ed) Springer-Verlag, New York.

  • Marín A, Oliver JL, Medina JR. 1994. El llenguatge dels gens: ús de codons en gens de vertebrats. Treballs de la Societat Catalana de Biologia 45: 55-67

  • Marín A, Gutiérrez G, Oliver JL. 1994. Uso de codones y preferencias de dinucleótidos: un estudio de las diferencias de composición dentro del genomio humano. Biología Computacional, A. Moya (ed), pp. 185-197, Universitat de Valéncia (Estudi General), Valencia.

  • Gutiérrez G, Oliver JL, Marín A. 1994. On the Origin of the Periodicity of 3 in Protein-Coding DNA-Sequences. Journal of Theoretical Biology 167: 413-414

  • Gutiérrez G, Casadesús J, Oliver JL, Marín A. 1994. Compositional Heterogeneity of the Escherichia coli Genome – a Role for Vsp Repair. Journal of Molecular Evolution 39: 340-346

  • García-Salcedo JA, Oliver JL, Stock RP, González A. 1994. Molecular Characterization and Transcription of the Histone H2b Gene from the Protozoan Parasite Trypanosoma cruzi. Molecular Microbiology 13: 1033-1043

  • Oliver JL, Bernaola-Galván P, Guerrero-García J, Román-Roldán R. 1993. Entropic Profiles of DNA-Sequences through Chaos-Game-Derived Images. Journal of Theoretical Biology 160: 457-470

  • Martínez-Zapater JM, Marín A, Oliver JL. 1993. Evolution of Base Composition in T-DNA Genes from Agrobacterium. Molecular Biology and Evolution 10: 437-448

  • Gutiérrez G, Oliver JL, Marín A. 1993. Dinucleotides and G+C Content in Human Genes – Opposite Behavior of GpG, GpC, and TpC at II-III Codon Positions and in Introns. Journal of Molecular Evolution 37: 131-136

  • Rodríguez F, Oliver JL, Marín A, Medina JR. 1990. The General Stochastic-Model of Nucleotide Substitution. Journal of Theoretical Biology 142: 485-501

Tesis doctorales:

  • Título: VARIACIÓN GENÉTICA ASOCIADA A LA METILACIÓN DIFERENCIAL DEL ADN Doctorando: Cristina Gómez Martín Universidad: Granada. Facultad / Escuela: Ciencias CALIFICACIÓN: Sobresaliente "cum laude" por unanimidad. Fecha de lectura: enero, 2021

  • Título: Metilación diferencial en el genoma humano y su asociación con la transcripción Doctorando: Ricardo Lebrón. Universidad: Granada. Facultad / Escuela: Ciencias CALIFICACIÓN: Sobresaliente "cum laude" por unanimidad. Fecha de lectura: Junio, 2019

  • Título: Regiones genómicas implicadas en la metilación diferencial del ADN Doctorando: Guillermo Barturen Briñas Universidad: Granada Facultad / Escuela: Ciencias CALIFICACIÓN: Sobresaliente "cum laude" por unanimidad. Fecha de lectura: Junio, 2014

  • Título: Complejidad composicional en secuencias de ADN Doctorando: Pedro Bernaola Galván Universidad: Granada Facultad / Escuela:Ciencias Fecha: 5/11/1997 CALIFICACION: Apto "cum laude" por unanimidad. Premio Extraordinario de Doctorado. Disciplina UNESCO: 240999 (Genómica, bioinformática)

  • Título: Dinámica evolutiva de los retrotransposones Alu en el genoma humano Doctorando: Michael Hackenberg Universidad: Granada Facultad / Escuela:Ciencias Fecha: 16/09/2005 CALIFICACION: Sobresaliente "cum laude" por unanimidad. Premio Extraordinario de Doctorado. Disciplina UNESCO: 240999 (Genómica, bioinformática)

  • Título: Variabilidad de aloenzimas y relaciones filogenéticas en la patata cultivada (Solanum tuberosum) y especies relacionadas Doctorando: José Miguel Martínez Zapater Universidad: Autónoma de Madrid Facultad / Escuela:Ciencias Fecha: 30/09/1983 CALIFICACION: Sobresaliente "cum laude". Disciplina UNESCO: 240999 (Evolución Molecular)

Financiación:

  • Título del proyecto: Efecto combinado de miRNAs: importancia en la interfaz entre parásitos y huésped y sus aplicaciones biomédicas. Proyectos I+D+i del Programa Operativo FEDER 2018. Cuantía: 31.565,90
  • Título del proyecto: ELBA - European Liquid Biopsies Academy - Towards widespread clinical application of blood-based diagnostic tools. Entidad financiadora: H2020-MSCA-ITN-2017, Cuantía: 358.582,92
  • Título del proyecto: Caracterización bioinformática de la formación de tricomas y la resistencia a plagas en tomate: Epigenómica y Epitranscriptómica. Entidad financiadora: MICINN - AGL2017-88702-C2-2-R (Retos). Entidades participantes: Universidades de Granada y Almería. Duración: 01/01/2018 – 31/12/2020. Cuantía de la subvención: 114.950,00 €. Co-IPs: Michael Hackenberg y José L. Oliver. Número de investigadores participantes: 4
  • Título del proyecto: Caracterización bioinformática de las regiones reguladoras de la resistencia a araña roja en tomate. Entidad financiadora: MICINN - AGL2013-49090-C2-2-R (Retos). Entidades participantes: Universidades de Granada y Almería. Duración: 01/01/2014 - 30/09/2017. Cuantía de la subvención: 70.000 €. Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 2
  • Título del proyecto: Palabras clave en secuencias genómicas y función biológica. Entidad financiadora: MICINN: BIO2008-01353. Entidades participantes: Universidades de Granada. Duración, desde: 01/01/2009 hasta: 31/12/2011. Cuantía de la subvención: 108.900,00 €. Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 4
  • Título del proyecto: Estructura en isocoras del genoma: mejoras en la predicción de genes, distribución de elementos transponibles, perfiles de expresión génica y presiones selectivas. Entidad financiadora: MCyT BIO2005-09116-C03-01. Entidades participantes: Universidades de Granada. Duración, desde: 15/10/2005 hasta: 14/10/2008 Cuantía de la subvención: 89.000,00 €. Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 7
  • Título del proyecto: Segmentación de secuencias genómicas: aplicación a la mejora de los algoritmos de búsqueda de genes, y relaciones con la estructura génica y la distribución de otros elementos funcionales. Entidad financiadora: MCyT BIO2002-04014-C03-01. Entidades participantes: Universidades de Granada. Duración, desde: 12/02 hasta: 12/04 Cuantía de la subvención: 96.000,00 €. Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 5
  • Título del proyecto: Segmentación composicional de secuencias genómicas: Desarrollo e implementación de un algoritmo para el reconocimiento de regiones codificadoras de proteínas. Entidad financiadora: CICYT (BIO99-0651-CO2-01). Entidades participantes: Universidades de Granada. Duración, desde: 12/99 hasta: 12/02 Cuantía de la subvención: 16800000. Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 6.
  • Título del proyecto: Estructura composicional del genoma: Segmentación de secuencias de ADN, perfiles entrópicos de complejidad e identificación de patrones composicionales asociados a expresión génica diferencial. Entidad financiadora: DGES (PB96-1414-CO2-01). Entidades participantes: Universidad de Granada. Duración, desde: 12/97 hasta: 12/99 Cuantía de la subvención: 3000000. Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 6
  • Título del proyecto: Estructura composicional del genoma: Correlaciones entre las posiciones próximas y lejanas de las secuencias de ADN. Entidad financiadora: DGICYT (PB93-1152-CO2-01). Entidades participantes: Universidad de Granada. Duración, desde: 7/94 hasta: 7/97. Cuantía de la subvención: 2500000 Investigador responsable: José L. Oliver Jiménez. Número de investigadores participantes: 6
  • Título del proyecto: Ajuste composicional en secuencias de ADN. Entidad financiadora: DGICYT (PB90-0847). Entidades participantes: Universidad de Granada. Duración, desde: 1990 hasta: 1993 Cuantía de la subvención: 3000000. Investigador responsable: José L. Oliver. Número de investigadores participantes: 2
  • Título del proyecto: Estudio de la dinámica de acumulación de los cromosomas B en condiciones de cultivo in Vitro y aproximación a su caracterización molecular. Entidad financiadora: DGICYT (PB87-0881). Entidades participantes: Universidad de Granada. Duración, desde: 1988 hasta: 1990. Cuantía de la subvención: 7.940.000 Ptas. Investigador responsable: José L. Oliver. Número de investigadores participantes: 4
  • Título: Análisis de la naturaleza, transmisión y efectos de los cromosomas accesorios. Entidad financiadora: CAICYT, Ref. 1211-84 CO2-02. Duración, desde 1985 hasta 1987. Investigador responsable: José L. Oliver.