Su trabajo se ha centrado principalmente en torno a la historia y la filosofía de la cosmología y la filosofía de la mecánica cuántica (especialmente en relación a los puntos de vista de Niels Bohr). En los últimos años ha iniciado investigaciones sobre aspectos estéticos de la ciencia y la filosofía de la educación, un interés de investigación que se ha reforzado en las experiencias docentes con estudiantes universitarios de arte, historia del arte, filosofía y ciencia.

[2018] Zinkernagel, Henrik. "Leg og aestetik i naturvidenskab og naturfagsundervisning [Play and aesthetics in science and science education]." Leg i skolen – en antologi [Play in school – an anthology], editado por Hasse Herold Møller, et al. Copenhague: Unge Pædagoger, pp. 148-169.

[2017] Zinkernagel, Henrik. "Naturvidenskabelig dannelse og æstetik [Bildüng cultural education) and aesthetics in natural science]." Dannelse på universitetet [Bildüng (cultural education) at the university level], editado por Steen N. Larsen y Jens Raahauge. Copenhagen: Sophia, pp. 98-117.

[2016] Zinkernagel, Henrik. "Niels Bohr on the wave function and the classical/quantum divide." Studies in History and Philosophy of Modern Physics, vol. 53, pp. 9-19.

[2104] Zinkernagel, Henrik. "Philosophy of Cosmology" (Volumen editado y con introducción de H. Zinkernagel). Número especial en Studies in History and Philosophy of Modern Physics, Vol. 46A.

[2011] Zinkernagel, Henrik. "Some Trends in the Philosophy of Physics." Theoria: An International Journal for Theory, History and Foundations of Science, vol. 26, no. 2, pp. 215-241.

[2009] Rugh, Svend E., y Henrik Zinkernagel. "On the physical basis of cosmic time." Studies in History and Philosophy of Modern Physics, vol. 40, pp.1-19.